Newcombe fundó The Brian Jonestown Massacre en San Francisco, California, en 1990. Los miembros principales en los primeros años incluyeron a Matt Hollywood, Jeffrey Davies, Joel Gion, Travis Threlkel, Peter Hayes (BRMC), Patrick Straczek, Ricky Maymi, Brian Glaze, Elise Dye y Dean Taylor, aunque la formación estaba sujeta a cambios frecuentes. Newcombe escribió la mayoría de las canciones, con Hollywood colaborando o contribuyendo con otros en ocasiones hasta su partida en 1998, con lo cual el nombre de Newcombe se convirtió casi en sinónimo de BJM. Newcombe también estuvo muy involucrado en la postproducción de sus álbumes, a menudo diseñándolos y mezclándolos por su cuenta. Artista prolífico, fue autor de más de 150 canciones en un período de quince años.

Newcombe fundó su propio sello discográfico que lanzó álbumes de The Brian Jonestown Massacre (Bravery, Repetition and Noise y el relanzamiento de Spacegirl y otros favoritos), The Lovetones ‘(Be What You Want) y Dead Meadow’s (Got Live if Tu lo quieres). Según el sitio web oficial, el propósito del sello es «… lanzar música BJM no disponible a través de otros canales, y grabar nuevas bandas que produciremos de vez en cuando, mientras perseguimos el objetivo de hacer que el mundo sea inseguro para el rock and roll «. Muchos de los lanzamientos de esta etiqueta son producidos o diseñados por Rob Campanella.

En 2016 compuso la banda sonora de la película independiente británica Moon Dogs, dirigida por Philip John.