Aprende a tocar la guitarra cuando tenía 12 años tomando como ejemplo a Chuck Berry y Freddie Kink, a los 14 años formó su propio grupo, en su juventud tocó en numerosas bandas.

Tiempo después se traslada a San josé California para finalizar sus estudios y allí conoce a Skip Spence, ex baterista de Jefferson Airplane y fundador de un grupo que tendría gran influencia en The Doobie Brothers: Moby Grape.

A través de Spence conoció a John Hartman y con Greg Murphy al bajo formaron Pud. En 1970 Dave Shogren reemplaza a Murphy y se les une el guitarrista Patrick Simmons, por lo que Pud se convierte en The Doobie Brothers.

Tom Johnston compuso y cantó muchos de sus primeros éxitos como: Listen to the Music, Rockin’ down the Highway, China Grove y Long Train Running